Sekwencjonowanie exome ujawnia mutację MCM8, która jest przyczyną niewydolności jajników i niestabilności chromosomów ad 7

Dane zostały zdeponowane w Gene Expression Omnibus (GSE56043) NCBI. Miejsca egzonu i splicingu zostały przechwycone przy użyciu zestawu Agilent Haloplex All Exon, a WES wykonano na urządzeniu Illumina HiSeq 2500. Surowe dane zostały zdeponowane w archiwum Sequence Read Archive (ID SRP046742). Sekwencjonowanie Sanger zastosowano w celu potwierdzenia wariantów odkrytych przez WES i oceny 200 podatnych próbek kontrolnych na domniemane szkodliwe warianty. Analiza funkcjonalna niestabilności chromosomów. Przebadaliśmy możliwości naprawy DNA w obwodowych limfocytach i fibroblastach pacjentów narażonych na diepoksybutan i MMC. Oceniliśmy zdolność egzogennego typu dzikiego i zmutowanego MCM8-GFP do tworzenia ognisk w miejscach uszkodzeń DNA w komórkach HEK293T. Test wiązania DNA. Wytworzyliśmy dzikie i zmutowane białka MCM8 i porównaliśmy ich zdolność do wiązania DNA. Peptydy rozpuszczalne MCM8 typu dzikiego i zmutowane były eksprymowane i oczyszczane z kompetentnych komórek BL21 (DE3) Rosetta 2 (EMD Millipore). EMSA przeprowadzono z losowym 46-nt długim ssDNA. Statystyka. W analizach łamliwości chromosomów ANOVA dla zmienności pojedynczych czynników zastosowano do określenia zarówno wpływu stężenia leku w każdej linii komórkowej, jak i wpływu linii komórkowej w obrębie każdego stężenia leku. Porównania między liniami komórkowymi przy pojedynczym stężeniu leku i różnicami w ogniskach GFP utworzonych z traktowaniem MMC oceniano za pomocą 2-ogonowych testów t, zakładając nierówną wariancję. Wartość AP mniejsza niż 0,01 została uznana za znaczącą. Zatwierdzenie badania. Badanie rodziny zostało zatwierdzone przez Komitet ds. Przeglądu Etycznego Szpitala Uniwersyteckiego King Khalid. Rekrutacja płodnych kobiet ze szpitala Magee-Womens została zatwierdzona przez IRB z University of Pittsburgh. Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich uczestniczących podmiotów. Materiały uzupełniające Przegląd danych uzupełniających Podziękowania Dziękujemy pacjentom i ich rodzinie za udział w tym badaniu nad genetyką POF. Dziękujemy Centrum Badawczemu College of Medicine, Deanship of Scientific Research, King Saud University. Dziękujemy również Laboratorium Cytogenetyki w Szpitalu Magee-Womens za pomoc w badaniach nad łamliwością chromosomów, Pittsburgh Clinical Genomics Laboratory for WES oraz w Centrum Obrazowania Biologicznego na Uniwersytecie w Pittsburghu w celu uzyskania dostępu do zasobów mikroskopowych. Finansowanie zapewnił Narodowy Instytut Zdrowia Dziecka i Rozwoju Społecznego (R01HD070647 i R21HD074278, A. Rajkovic), Nagroda biomedyczna Samuela i Emmy Winters (do MA Trakselis) oraz Magee-Womens Research Institute Postdoctoral Fellowship (do MA Wood ). Przypisy Konflikt interesów: Autorzy zadeklarowali brak konfliktu interesów. Informacje referencyjne: J Clin Invest. 2015; 125 (1): 258. 262. doi: 10.1172 / JCI78473. Obecny adres Michaela A. Trakselisa to: Wydział Chemii i Biochemii, Baylor University, Waco, Texas, USA.
[patrz też: wstrzykiwacz do insuliny, rezonans magnetyczny pleszew, klebsiella pneumoniae ndm ]
[więcej w: perliste grudki prącia, sanatorium busko zdrój krystyna, neuropraksja ]